Die Art der Sicherheitstests orientiert sich am Gefahrenpotential eines gefährdeten Systems, Netzwerks oder einer Anwendung, was heißt, beispielsweise ein Webserver besitzt eine höhere Gefahrenpriorität als eine einfache Textverarbeitung. Entsprechend zahlreich ist das Hilfswerkzeug für Penetrationtests und entsprechend sollten derart umfassende Sicherheitstests lediglich erfahrene Sicherheitsforscher oder Systemadministratoren durchführen, die wissen was sie machen, welche Ereignisse sie damit verursachen und welche Ergebnisse sie damit erzielen möchten.
Der Begriff Penetrationstest wird gelegentlich auch fälschlich für einen automatischen Vulnerability Scan verwendet. Während der Schwachstellen (engl. und fachsprachlich 'Vulnerability') Scan weitgehend automatisch abläuft, bedarf es bei einem echten Penetrationstest manueller Vorbereitung in Form von Sichtung des Prüflings, Planung der Testverfahren und Ziele, Auswahl der notwendigen Werkzeuge und schließlich die Durchführung. Der Security Scan wiederum unterscheidet sich vom Schwachstellen Scan durch die manuelle Verifikation der Testergebnisse. Die Verwendung der jeweiligen Begriffe erfolgt im semi-professionellen Bereich jedoch oft uneinheitlich, während in der professionellen Welt der Sicherheitsforscher und Fachunternehmen Standards zur Durchführung von Penetrationtests akzeptiert und weltweit anerkannt werden.
Der Penetrationstest wird oft als empirischer Teil einer allgemeineren Sicherheitsanalyse durchgeführt.